L’existence d’une « Eglise de Madame des Flores » est attestée en 1469 sur la commune. L’édifice religieux prend successivement plusieurs noms : église Notre-Dame des Fleurs en 1609, chapelle Notre-Dame des Fleurs en 1610, église de Jestel en 1678. La reconstruction d’une nouvelle église débute en mai 1895. La bénédiction a lieu le premier dimanche de mai 1896, le jour de la fête de Notre-Dame des Fleurs.
En 1944, les Allemands détruisent, sur la région lorientaise, tous les bâtiments pouvant servir de points de repère et d’orientation aux batteries ennemies. Le 9 août 1944, le bourg est pilonné, le presbytère et la mairie sont détruits. Malgré les bombardements, la tour et le clocher de l’église sont intacts. L’ensemble est dynamité le 16 octobre 1944. L’explosion ébranle les murs de tout l’édifice. Il ne reste plus que des ruines.
Un article, en date du 5 décembre 1958, du quotidien Ouest-France précise que l’église de l’abbé Le Lan, recteur de la paroisse, est enfin en chantier. Durant ces treize dernières années, les offices religieux se déroulent dans une simple chapelle baraque. Le dimanche 6 décembre 1959 est un grand jour pour la paroisse. L’évêque de Vannes, Monseigneur Le Bellec, est présent pour la bénédiction de la nouvelle église et des quatre nouvelles cloches. Le temps désastreux de premier dimanche de décembre n’altère pas l’éclat de la cérémonie.